Die überwiegend aus rotem Backstein errichtete Kirche wurde in mehreren Bauphasen nach dem Vorbild derLübecker Marienkirche errichtet. Architektonisch wurde sie mehr in der Spätgotik errichtet und war nach der Fertigstellung des Turms von 1549 bis 1647 das höchste Gebäude der Welt.
Die drei-schiffige Kirche präsentiert sich im Innenraum mit einer eindrucksvollen Architektur. Das Mittelschiff ist immerhin knapp 100 Meter lang und fast 33 Meter hoch.Bei dem Bombenangriff am 6. Oktober 1944 auf Stralsund wurden auch Teile der Marienkirche beschädigt.Die besonders breiten Kirchenfenster mussten allesamt erneuert werden. Das verglaste Fenster „Jesus lebt“ hinter dem Nagelkreutz zum Gedenken der gefallenen Soldaten in den beiden Weltkriegen wurde erst 2005 eingeweiht.
Der weit über 500 Jahre alte Marienkrönungsaltar kam erst 1971 nach Stralsund und wurde zunächst restauriert und danach in der Marienkirche aufgestellt. Neben der Krönungsszene befinden sich noch Apostel- und Heiligenfiguren im Altar.
Im südlichen Seitenschiff sind mehrere Grabkapellen untergebracht.
Ein außergewöhnlich schönes, hölzern-barockes Taufgehäuse befindet sich neben dem Südportal in der Taufkapelle. Es stammt in etwa aus dem Jahre 1738 und wurde vor kurzem restauriert.
Die Stellwagenorgel an der Westseite des Mittelschiffs ist reichlich verziert.Ein schwebender Engel unterhalb der Orgel zieht die Linse der Kamera auf sich.